Le Musée Africain s'inscrit dans un contexte particulier, celui de la Société des Missions Africaines (S.M.A) fondée à Lyon en 1856 par Monseigneur de Marion Brésillac qui œuvra à l'évangélisation de l'Ouest de l'Afrique subsaharienne et plus précisément sur le Golfe de Guinée, allant de la Sierra Leone au Nigeria.
L'objectif du musée est de donner à l'Afrique une vitrine en faisant connaître autant les richesses humaines que l'épaisseur historique des cultures de l'Afrique de l'Ouest. Ce lieu culturel conserve et protège les "originaux" de l'art africain traditionnel et des cultures africaines en mutation.
- 1863 : Démarrage du musée avec l'arrivée des premières caisses d'objets. Véritable "album de famille" des pièces rapportées par les missionnaires, il s'installe tout d'abord dans un salon de la maison-mère de Sainte-Foy-lès-Lyon.
- 1870 : Ouverture du musée sur les trois étages et la grande galerie du cours Gambetta. Sont alors exposés des objets de la vie quotidienne, des objets rituels, des animaux naturalisés et des gravures.
- 1900-1919 : Pendant la crise Eglise-Etat, les collections sont mises en dépôt à la Propagation de la Foi (rue Sala à Lyon) ainsi que chez des particuliers. Bien peu d'objets sont récupérés et les missionnaires sont sollicités pour l'envoi de nouvelles pièces.
- 1921 : Le Père Chabert fonde le "Musée des Missions Africaines" (Musée ethnographique et missionnaire).
- 1924-1925 : Exposition missionnaire du Vatican : le musée y participe par l'envoi d'objets et reçoit une partie des objets non retenus par le futur Musée Ethnographique du Vatican.
- 1975-1979 : Rénovation du musée qui devient le Musée Africain. Il s'éloigne de l'histoire naturelle, de la curiosité, de l'exotisme pour se consacrer au mobilier, aux étoffes, aux masques et aux représentations des puissances spirituelles.
- 2000 : Fermeture pour travaux : restauration des niveaux 1 et 2 et restructuration du niveau 3.
- 2001 : Le 26 janvier, le musée rénové (modernisation de l'architecture et de l'esprit) est inauguré.
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